CFDA SE的全称为羧基二乙酸荧光素琥珀酰亚胺酯(Carboxyfluorescein diacetate, succinimidyl ester)。CFDA SE可以通透细胞膜, 进入细胞后可以被细胞内的酯酶(esterase)催化分解成CFSE, 并保留于细胞内。由于CFDA SE标记细胞的荧光非常均匀和稳定, 每分裂一次子代细胞的荧光会减弱一半, 这样通过流式细胞仪就可以检测出没有分裂的细胞, 分裂一次的细胞(1/2的荧光强度), 分离两次的细胞(1/4的荧光强度), 分裂三次的细胞(1/8的荧光强度)以及类似的其它分裂次数的细胞。在荧光减弱到未染色细胞的背景信号前, 可检测分裂达8次的细胞。
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